南京中医药大学中医文化研究中心成立于1994年，是国内最早成立的中医文化研究机构，2015年中心入选江苏省高校哲学社会科学重点研究基地。经过二十多年的发展，中心以重点科研项目带动学术研究，以科研成果促进教学改革，以中医孔子学院为平台对外传播中医文化，成为南京中医药大学重要的人文研究、教育与传播基地。

中心自成立以来，积极整合校内外学术资源，申报各级科研课题。近二十年来，共承担中医文化科研项目30余项，其中国家社科基金项目9项，“中医药文化国际传播认同体系研究” 、“中医文化核心价值体系及其现代转型研究”为国家社科基金重大项目。中心组织编写的《中医文化研究》（三卷本）获得第七届高等学校科学研究优秀成果（人文社会科学）三等奖。

中心致力于科研成果促进教育教学改革，提升中医大学生的传统文化素养。教学成果“医哲结合，构建自然辩证法教学新模式”、“传承与创新：彰显中医文化特质的院校教育模式的探索与实践”先后获得了国家级教学成果二等奖， “中医文化融入思想政治理论课教学模式的探索”获得南京中医药大学高等教育教学成果奖一等奖。指导大学生课外作品《中医文化核心价值的社会认同研究—基于31省（市）、港澳台及海外地区的调查》、《本草匠心，筑梦“健康中国”——中医药“工匠精神”调研》、《中医现代化的文化自觉》分获全国大学生挑战杯课外作品一、二、三等奖。

中心与海内外中医文化机构保持广泛联系与合作。与澳大利亚皇家墨尔本理工大学联合开办的中医孔子学院，把汉语教学与中医文化传播相结合，为澳大利亚民众开启一扇了解中国文化与中医文化的新窗口。《南京中医药大学学报》（社会科学版）是全国中医院校学报唯一社会科学版，其“中医文化”栏目全国文科学报特色专栏。

目前，中心拥有国家中医药管理局“十二五”重点建设学科“中医文化学”，自主设置中医文化学二级学科博士点，江苏省高校哲学社会科学优秀创新团队“中医文化传承与传播研究团队”。