南京中医药大学中医文化研究院历史悠久，其前身中医文化研究中心成立于1994年，是国内最早成立的中医文化研究机构，2024年更为现名，下设8个研究中心。三十年来，中医文化研究院面向健康中国、文化强国战略，围绕中医文化发展中的重大理论与实践问题开展学术研究与学科建设，深入探讨中医学与中华优秀传统文化的内在关系，挖掘中医文化基因，凝炼中医文化核心价值观，探索中医文化走向世界的路径方式，着力培养中医药大学生的文化自觉自信，形成了具有南中医特色、南中医风格、南中医气派的中医文化研究传统，成为南京中医药大学重要的人文研究、教育与传播基地，是全国具有重要影响的省级哲学社会科学重点研究基地。
中医文化研究院先后获批各级中医文化科研项目50余项，国家社科基金项目近20项，其中国家社科重大项目3项、重点项目3项；组织编写的《中医文化研究》（三卷本）获第七届高等学校科学研究优秀成果（人文社会科学）三等奖；指导大学生课外作品先后获全国大学生挑战杯课外作品一等奖、“岐黄杯”全国中医药博士生优秀论文一等奖；2项中医文化教学成果先后获得了国家级教学成果二等奖。
南京中医药大学与澳大利亚皇家墨尔本理工大学联合开办中医孔子学院，研究院核心成员担任中方院长和教师，为澳大利亚民众开启一扇了解中国文化与中医文化的新窗口。《南京中医药大学学报》（社会科学版）是全国中医院校学报唯一的社会科学版，研究院核心成员参与主持的“中医文化”栏目为全国文科学报特色专栏。目前，研究院拥有国家中医药管理局“十二五”重点建设学科“中医文化学”、江苏省“十四五”重点交叉学科“人文医学”、科学技术史一级学科硕士点，人文医学交叉学科博士点；获得江苏省高校哲学社会科学优秀创新团队，教育部医学人文素质教育基地，全国中医药文化宣传教育基地等称号。
